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一是地区不均衡。呼和浩特、包头、鄂尔多斯等龙头企业集中，且竞争优势明显的地区农牧业产业化程度要相对高一些；而巴彦淖尔、乌兰察布、锡林郭勒等龙头企业发展滞后的地区农牧业产业化水平也相对滞后。二是结构不均衡。农产品的加工转化明显落后于畜产品的加工转化，在全区11个驰名品牌中，农产品加工业只占3个。
围绕产业化经营的产前、产中、产后服务滞后，科技、信息、金融、购销、储运等服务组织和中介组织不健全，人员素质低，服务功能差，不能充分发挥应有的作用，很难适应产业化经营的需求和市场变化。全区参加各种专业合作经济组织的农牧户只占总户数的3%，低于全国平均4%的水平，也远远低于日本等发达国家80%的水平。农村牧区合作组织薄弱、广大农牧户分散经营、农畜产品交易成本过高，既制约了农牧民参与市场竞争，也制约了农牧业产业化的进一步发展。
内蒙古农牧业产业化仍处于初始阶段，农牧业产业化经营还存在着许多不容忽视的问题。
内蒙古农畜产品资源十分丰富，但资源优势远未发挥出来。由于科技成果转化机制仍不健全，科研成果转化率低，农牧业产业化科技含量不高，产业链条短，加工转化率低。目前农畜产品加工业产值与农牧业产值比仅为0.6:1，与全国平均1:1的水平还有一定的差距，与发达国家3:1的水平更是相差甚远。如果内蒙古农畜产品加工转化程度达到全国平均水平，2003年农畜产品加工业产值将达到666亿元，比实际水平高75%。从各行业的发展情况看，乳制品主要以超高温灭菌奶、奶粉、酸奶、冰淇淋为主，产品细分程度低，花色品种少，深加工产品更少。肉类加工绝大多数都停留在传统的简单初加工上，精深加工水平低，新产品开发能力弱，尚未形成品牌优势。粮油产业大多以原粮、油料等初级产品进入市场，竞争力弱、附加值低。以玉米产业为例，目前内蒙古玉米的加工转化率仅为17.2%，而吉林省已达到36.7%；内蒙古加工转化品种还不到10种，而全国有200多种，发达国家已达到2000多种。种植的牧草大多处于自产自用阶段，还没有形成规模化种植、专业化生产，加工转化和商品率不高。沙产业发展仍处于起步阶段，加工转化严重滞后。
内蒙古农畜产品加工企业组织结构大群体、小规模的特征十分明显，与发达国家和我国发达地区相比，龙头企业的规模、实力、科技水平和产品质量等综合竞争力仍然较低，难以对一体化生产形成持久而强有力的支持，辐射能力和市场开拓能力受到一定程度的影响。2003年居于世界食品加工业首位的美国菲利普·莫里斯公司年销售收入达729亿美元，我国最大的龙头企业河南双汇集团销售收入达120亿元，内蒙古销售收入最高的伊利集团只有63亿元。
河套、土默川、西辽河平原有“谷仓”和“塞外米粮川”之称，不仅是内蒙古粮食和经济作物的主要产区，也是国家农业开发的重点地区。目前全区马铃薯、向日葵播种面积、产量均居全国第一位；玉米产量居第五位；莜麦、荞麦、绿豆等杂粮杂豆品质优良，是全国小杂粮三大产区之一。可利用草场面积6818万公顷，占全国可利用草场面积1/5以上，畜牧业综合生产能力居全国五大牧区之首。畜种资源丰富多样，乌珠穆沁肥尾羊、阿尔巴斯白绒山羊等优良品种在国内外闻名遐迩，在质量、规模等各方面都具备了产业化开发的基础和条件。牛奶产量居全国第一位，羊肉产量居全国第二位，牛肉产量居全国第十位。内蒙古充分发挥农畜产品资源优势，大力实施农牧业产业化经营，加大了资源优势向经济优势的转化步伐，使内蒙古农牧业产业化经营走进了全国前列。乳产业、绒产业在全国都处于举足轻重的地位，2004年牛奶产量占全国的比重达到22%，羊绒产量占全国的比重达到41%，鲜奶加工能力和羊绒加工能力都居全国第一位。
产业化内部结构松散，龙头企业、基地、农牧户之间缺乏稳定、健全、合理的利益联结机制，没有真正结成“利益共享、风险共担”的共同体。除乳、肉等产业外，其它产业基本处于农牧户自发生产阶段，组织化、规模化程度低，企业与基地、农牧户之间仍然是最初级的买卖关系，原料生产的规模、质量很难满足加工需求，导致一方面农畜产品加工不足，加工转化水平低，另一方面部分企业生产能力闲置，这说明大部分地区仍处于自发生产阶段，很难适应产业化经营的需要。
农牧业生产的集约化、专业化、组织化水平不高，农畜产品的专用程度和品质不能充分满足现代加工业发展的需要。奶牛品种落后，饲养管理粗放，平均单产水平仅为3吨，比全国平均水平低0.2吨，仅为加拿大等发达国家平均水平的1/3，难以适应乳业持续发展的需要。肉源基地建设滞后，畜种改良慢，出栏率和商品率较低，2003年肉羊平均胴体重15.7公斤，而世界平均为20公斤，澳大利亚为21公斤，美国为29公斤；肉牛平均胴体重160公斤，而世界平均为212公斤，美国为327公斤，加拿大为334公斤。绒山羊养殖基地基础设施薄弱，不适应舍饲圈养的要求，使加工业生产能力闲置与原料不足的矛盾更加突出。
内蒙古位于北纬37°—53°之间，是全国最佳的奶牛、绒山羊养殖带，玉米、杂粮杂豆、马铃薯种植带，农畜产品资源多样性特征明显，纯天然、无污染的绿色农畜产品资源丰富。全区人均耕地面积0.24公顷，是全国人均耕地面积的3倍，居全国第一位，2005年全区第一产业国内生产总值为589.56亿元，占全区国内生产总值的比重为15.1％；农牧业人口1436.1万人，占全区总人口60.18％。
